Delist.ru

Молекулярно-генетические аспекты эпидемиологии внутрибольничных инфекций, вызванных представителями вида Staphylococcus aureus, устойчивыми к метициллину/оксациллину (25.12.2007)

Автор: Дмитренко Ольга Александровна

Таблица 6

Результаты идентификации генов sea, seb, sec и tst в геноме клинических изолятов MRSA

Дата выделения Число

изученных клинических изолятов Группа коагулаз-ного гена Тип SCC

mec Число изолятов, в геноме которых обнаружены гены

sea seb sec tst

1998-2002

Всего: 80 4

SCC-CI 5

1986-1990

Всего: 10 4

Все изоляты коагулазной группы 5 несли ген sea. Ген sec дополнительно несли изоляты spa типа t-008, тогда как ген seb – изоляты spa типа t-622, выделенные в 1990 г. Ни у одного из исследованных изолятов не обнаружили ген tst.

При анализе содержания генов PTSAgs в геноме клинических изолятов MRSA, выделенных при бактериемии, было установлено, что 88% изолятов содержат ген sea (табл.7). Кроме того, приблизительно треть изолятов дополнительно несли ген sec.

Исследование геномного полиморфизма клинических изолятов MRSA выявило, что каждый из исследованных маркеров позволяет дифференцировать клинические изоляты на группы и поэтому может быть использован для их типирования. Гены хромосомного «ядра» были выявлены у всех изолятов, тогда как гены, расположенные на мобильных генетических элементах, присутствовали в геноме лишь у части изолятов. Наблюдалась стойкая ассоциация молекулярных маркеров, расположенных на «добавочных» элементах, с определенным генетическим «бэкграундом».

Таблица 7

Результаты идентификации генов sea, seb, sec и tst в геноме клинически изолятов MRSA, выделенных при бактериемии

изученных

клинических изолятов Группа

коагулаз-

гена Тип

SCCmec Число изолятов, в геноме которых обнаружены гены

sea seb sec tst

7 IV III (IVbd) 3 - - -

24 V SCC- CI

(I+IVbd) 24 - 8 -

Всего: 31 27 - - -

Поскольку изоляты MRSA, значительно отличающиеся по фенотипическим свойствам, выделенные в различных стационарах, расположенных в нескольких регионах страны, удавалось дифференцировать лишь на ограниченное число групп, это, с одной стороны, могло свидетельствовать о том, что выбранные нами молекулярные маркеры обладают низкой дифференцирующей способностью, с другой – косвенно указывало на клональность исследуемых изолятов.

В связи с этим мы попытались рассчитать теоретически возможное количество произвольных комбинаций исследованных маркеров, при этом исключив из первичного анализа ген spa, вариабельность которого исследовали по результатам секвенирования.С учетом ряда ограничений количество возможных комбинаций маркеров составило:

210*10*2= 20480,

где 210 – возможное число произвольных сочетаний 10 молекулярных

маркеров;

10 – число вариантов гена coa, выявленных по результатам рестрикции с

использованием Cfo1;

2 – число идентифицируемых комплексов mec.

Включение в схему типирования секвенирования гена spа повышает это количество вариантов многократно, т.к. количество вариантов повторов гена spa теоретически может превышать 3 триллиона (или 3х1012).

Следовательно, количество случайных комбинаций использованных нами молекулярных маркеров практически бесконечно велико и разработанная схема мультилокусного анализа генома обладает очень высокой дифференцирующей способностью.

Клональность клинических изолятов MRSA, выявленная

методами молекулярной генетики

Разработанная схема молекулярно-генетического типирования позволила идентифицировать среди клинических изолятов, выделенных в 1998–2002 г.г., четыре эпидемических штамма, различающихся несколькими молекулярными маркерами, входящими как в состав хромосомного «ядра», так и мобильного генетического пула микробной клетки. Два из них, REMRSA-1 и REMRSA-2, являлись доминирующими и были выявлены в нескольких стационарах, расположенных в различных географических регионах страны. Было установлено, что REMRSA-1 циркулирует в стационарах, расположенных на территории нашей страны, в течение почти 20 лет, поскольку именно этот эпидемический штамм был идентифицирован среди изолятов, выделенных в конце 80-х годов в ожоговом центре г. Минска. Близкородственный ему штамм REMRSA-3 (spa t-030) впервые был идентифицирован среди изолятов MRSA, выделенных в 2001г., и его распространение ограничивалось только одним из московских стационаров.

Таблица 8

загрузка...